Die Sekundarstufe der EIDE begleitet die Schüler bei ihrer weiteren schulischen Laufbahn in einem mehrsprachigen und multikulturellen Umfeld und bereitet sie schrittweise auf die Anforderungen der Sekundarstufe und des Europäischen Abiturs vor.
Die Sekundarstufe erstreckt sich über sieben Jahre und nimmt Schüler im Alter von in der Regel 11 bis 18 Jahren auf. Der Unterricht ist in drei Sprachsektionen organisiert – Französisch (FR), Deutsch (DE) und Englisch (EN) –, sodass die Schüler ihre Schulausbildung in ihrer Hauptsprache absolvieren und gleichzeitig fundierte Sprachkenntnisse in anderen Sprachen erwerben können.
Spezielle Maßnahmen wie Aufnahmeklassen und Vorbereitungskurse unterstützen die sprachliche Integration und den schulischen Übergang bestimmter Schüler mit dem Ziel einer schrittweisen Integration in den europäischen Zweig.